就在褚英崭露头角、地位不断上升的时候，从明万历四十一年以后，这位屡立军功的“皇长子”的名字，竟突然在大清的史册上消失。在《清太祖实录》中再也找不到有关他的记载，他有无任职，有何功过，何时去世，是病逝善终，还是战死疆场，或是因罪诛戮，皆无记录。

  直到35年以后，《清世祖实录》卷三十七才第一次提到，“太祖长子，亦曾似此悖乱，置于国法”。又过了60年，康熙帝提到：“昔我太祖高皇帝时，因诸贝勒大臣讦告一案，置阿尔哈图图门贝勒褚燕于法。”以后，《清史列传》卷三《褚英传》才简略地写道：“乙卯（1615年）闰八月，褚英以罪伏诛，爵除。”但“悖乱”为何？“讦告”何事？罪犯哪条？是囚禁而死，还是被下令处决，皆讳而不述。因此300多年来，太子褚英之死只是流传于各种民间传说，而从史学研究的角度，一直未得破解。