早期的壳寡糖制备多采用酸水解方法，通过选择酸以及控制酸水解的过程，获得期望得到的分子量范围的壳寡糖。

  在上个世纪五六十年代，盐酸和硫酸被用于壳聚糖的降解。专家在1958年将壳聚糖溶解于盐酸溶液中，在100℃条件下反应，制备低聚壳聚糖。盐酸降解法工艺操作简单，但降解条件较难控制，操作环境污染严重，降解产品主要为单糖和双糖，活性较高的寡糖含量较低。

  此外，人们也尝试用一些物理方法降解壳聚糖，如利用加热、加压、微波、超声、射线等物理方法。但这些物理方法降解效果差，很难得到聚合度为2个~10个单糖的壳寡糖。

  生物降解法是利用酶降解壳聚糖制备壳寡糖的方法。该方法自20世纪80年代出现以来，得到了广泛重视，国内外研究十分活跃。生物降解法同化学降解法相比具有明显的优势：一是反应条件温和，对设备要求不苛刻；二是降解过程及降解产物相对分子质量分布易于控制，壳寡糖得率高，不造成环境污染；三是结合一些过程工程的技术，如固定化酶技术、超滤技术等，可以实现经济的大规模的壳寡糖连续生产，因此酶降解法制备壳寡糖是最有前途的方法。

  不同分子量的壳寡糖，其生理活性差异很大。因此，壳寡糖产品质量的评价指标，除了常规的一些指标，如水分、灰分、糖含量等外，还必须检测产品的分子量。该指标包含了两个含义：一是产品的平均分子量；二是产品中各聚合度寡糖的分布，即各聚合度寡糖的含量。通过该指标的检测，控制产品中有生理活性的壳寡糖的含量。产品中各聚合度寡糖含量的检测，常用的方法是高效液相色谱法或质谱法。