慢性乙肝的治疗是以抗病毒为主的综合治疗，关于疗程的长短总是会令人无比纠结：一方面需要保证足够的疗程，尽可能让患者治愈或病情得到有效控制；另一方面还要考虑到治疗成本、耐药、药物副作用和长期服药患者的依从性，从而尽量缩短疗程。中国肝炎防治基金会2009年调查显示：多数患者不能承受3年以上的疗程。调查中当被问到“可以承受多长时间的治疗时”，有30.5％的患者选择了1年，42.3％的被访者选择了2年～3年，仅有27%的被访者能承受治疗3年以上。那么乙肝疗程的长短到底由谁决定呢？

  现在治疗乙肝的疗程主要是由治疗目标决定的，也就是“目标控制疗程”。乙肝治疗的目标通常有以下三个：1.理想的治疗目标：无论HBeAg阳性还是HBeAg阴性的慢性乙肝患者，理想的治疗目标是HBsAg消失，伴或不伴抗-HBs检出。2.满意的治疗目标：对于HBeAg阳性的慢性乙肝患者，满意的治疗终点是持续的HBeAg血清学转换。3.可获益的治疗目标：对于未能达到HBeAg血清学转换的HBeAg阳性/HBeAg阴性患者，在抗病毒治疗后维持HBV DNA低于检测下限。达到理想的治疗目标视为治愈，可以停药，终结疗程。达到满意的治疗目标和可获益的治疗目标是停药的前提条件，能否停药还要参考患者病情、治疗方案、年龄等多种因素。停药后还要进行监测，因为达到满意的治疗目标和可获益的治疗目标停药后病情有复发的可能。