尼奥在母体中苏醒过来，此时他正失陷于母体中，身体与思想处于分离状态。他在火车站遇到神秘流浪汉，并和他一同搭乘火车。在火车上，流浪汉详细告知了尼奥救世主身份的来龙去脉。与此同时，锡安城的军队在兹宜和“小子”等勇敢的平民志愿者帮助下背水一战，在机器军队冲向他们的要塞时抵抗入侵。面对要被彻底灭绝的危险，人类最后堡垒中的居民不仅为自己的生命而战，而且为自己的未来而战。但冒进的战略思想导致他们首轮迎战就遭重创。战后会议之后，墨菲斯和崔妮蒂找到了失踪的奈尔碧，并得知了尼奥的情况。一种未知的元素从内部毒害着他们：无赖程序史密斯狡猾地截获了气垫船舰队成员贝恩，史密斯的力量分秒递增，甚至超出机器们的控制，现在它威胁着要把机器们的帝国以及真实世界和母体一起毁灭……

　　10月2日22∶44(六套)播出。