旗舰，亦称指挥舰，是海军舰队、海上舰艇编队的指挥所，或是舰队、编队指挥员所在的舰。“旗舰”的名称来自于一些外国海军指挥舰通常悬挂着该级指挥员的代旗(也称首长旗、司令旗)。如美国海军上将旗为蓝底4颗白色五星；中将旗为3颗白色五星；少将旗为2颗白色五星；准将旗为1颗白色五星；在海上见到挂有代旗的军舰，就可知道该舰是哪一级军衔军官担任指挥员的旗舰。所以舰队或编队指挥官乘坐的指挥舰称为旗舰。

　　旗舰顾名思义要承担海上作战的组织指挥任务，有较高的要求，不是什么舰船都可担任的。一般是根据舰队、编队在海上作战指挥任务的要求，进行专门设计建造的。旗舰由于要担任较复杂的海上作战指挥任务，所以该舰要比其他舰船有着更加完备的观察通讯器材。如果不是专门设计建造的舰船，要担任旗舰，就必须进行一些必要的改装，使其适应指挥的要求。旗舰有两种设置方法：一种是常年固定一艘舰艇为旗舰。如美国海军几个舰队的旗舰基本上是固定的。另一种方法是根据当时的情况，临时指定舰只担任旗舰。在现代汉语中，“旗舰”的意义也被引申，代指同类中起主导作用的产品。