1959年3月，在国外敌对势力的支持下，少数分裂分子在西藏策划了武装叛乱。叛乱被迅速平定后，叛军残余逃往印度方向，达赖也被裹胁出境。

　　为了给达赖营造有利的国际舆论环境，嘉乐顿珠四处奔走。他写信给台湾驻联合国代表，希望其用在联合国的发言权和投票权帮助西藏“独立”。然而就在拉萨叛乱被粉碎几天后，蒋介石在台湾发表“告西藏同胞书”，将“反共复国”、“五族共和”、“重建大中华民国”等作为原则，把达赖集团称为“反共爱国”的“西藏难胞”，对其“藏独”主张却毫无着墨。后来该文告成为国民党各部门处理涉藏问题的最高原则。

　　看到蒋介石的讲话原文后，以贡布扎西为首的激进派大骂台湾当局，坚决反对把西藏问题称为“中国内政问题”，而嘉乐顿珠则坚持立足于“反共”这一基本点，争取台湾的实质性援助。在达赖的默许下，从1963年到1964年，嘉乐顿珠连续3次密访台湾，与蒋经国会晤。会晤的目的是“沟通关系”，解决双方的“理解分歧”。可是双方的矛盾难以调和，最终，嘉乐顿珠只带回蒋介石写给达赖的一封亲笔信，蒋继续坚持西藏问题是“中国反共抗暴”运动的一部分。

　　尽管藏台双方在最高政治纲领上存在分歧，但基于共同对付中共的目的，双方还是进行了一定的合作。20世纪60年代，台湾通过情报部门设在东南亚的各工作站以及依然保留的“蒙藏委员会”机构，陆续向印度的达赖集团汇去活动资金，但台湾一直要求直接把钱付给“四水六岗卫教军”基层，以便鼓励他们加大袭扰中国大陆的力度，但“西藏流亡政府”坚持台湾必须将款项汇入达赖指定的账户，并一度拒收台湾的汇款。