2005年9月14日
指出“肖氏反射弧”未获国际公认
方舟子在线谈《生物医学的规范》(由中国协和医大出版社组织),指出所谓“肖氏反射弧”并没有得到国际公认。2005年9月21日,方舟子在《北京科技报》发表《脚踏两只船的院士候选人》一文,对肖传国的简历提出疑问。
2005年11月
揭露清华教授刘辉学术造假
方舟子在《新语丝》中首次揭露,原清华大学医学院院长助理、教授刘辉学术造假。凭借“刘辉事件”,方舟子掀起了一股学术打假狂澜。
2007年4月
揭露蒙牛特仑苏OMP牛奶不能造骨
方舟子在《新语丝》中披露,蒙牛特仑苏OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”实际上是国外研究很多的一种生长因子IGF-1,不仅不能造骨,还有致癌风险。后来国家质检总局发文认为OMP是不允许添加的添加剂。
2010年7月3日
质疑唐骏学历造假
方舟子质疑唐骏学历造假,此外还写道,唐骏自称1992年在美国花了两天时间发明大头贴照相机,以50万美元把专利卖给日本公司,但是唐骏无此专利。
2010年7月28日
质疑李一闭气两小时
针对李一称自己采用道教秘传“胎息”法,能在水下闭气2小时22分,方舟子发表博文《世上有没有“胎息”》予以驳斥,称“胎息”这种先天的功能根本就不存在,后天再怎么锻炼也得不到。