2005年9月14日 

　　指出“肖氏反射弧”未获国际公认

　　方舟子在线谈《生物医学的规范》（由中国协和医大出版社组织），指出所谓“肖氏反射弧”并没有得到国际公认。2005年9月21日，方舟子在《北京科技报》发表《脚踏两只船的院士候选人》一文，对肖传国的简历提出疑问。

　　2005年11月 

　　揭露清华教授刘辉学术造假

　　方舟子在《新语丝》中首次揭露，原清华大学医学院院长助理、教授刘辉学术造假。凭借“刘辉事件”，方舟子掀起了一股学术打假狂澜。

　　2007年4月 

　　揭露蒙牛特仑苏OMP牛奶不能造骨

　　方舟子在《新语丝》中披露，蒙牛特仑苏OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”实际上是国外研究很多的一种生长因子IGF-1，不仅不能造骨，还有致癌风险。后来国家质检总局发文认为OMP是不允许添加的添加剂。

　　2010年7月3日 

　　质疑唐骏学历造假

　　方舟子质疑唐骏学历造假，此外还写道，唐骏自称1992年在美国花了两天时间发明大头贴照相机，以50万美元把专利卖给日本公司，但是唐骏无此专利。

　　2010年7月28日 

　　质疑李一闭气两小时

　　针对李一称自己采用道教秘传“胎息”法，能在水下闭气2小时22分，方舟子发表博文《世上有没有“胎息”》予以驳斥，称“胎息”这种先天的功能根本就不存在，后天再怎么锻炼也得不到。