在出版程序上，《火花》杂志社遗漏了关键的一环。增刊不同于正刊，依据相关出版政策，增刊出版前必须向主办主管等相关上级职能部门报批。而《大迁徙》出版印刷后，杂志社的报批手续还未进行。“如果要说违规，那是因为我们遗漏了报批。”《火花》杂志社执行社长魏丕植对记者说，《火花》杂志是正规刊物，出版增刊也是合法的。《火花》杂志社在出版程序的疏漏早有先例，在2009年，山西省新闻出版局在前一年度（2008年）的报刊核验工作报告中称，“《火花》未按登记的刊期缴送样刊，同时涉嫌转让出版权”。

　　6月28日，陕西省渭南市文化广电新闻出版局向山西省新闻出版局发送函件，称《大迁徙》一书为“非法出版物”。对此，《火花》杂志社给予了反驳。《火花》杂志社在给山西省新闻出版局的相关回函中称：该书经过杂志社执行社长魏丕植、执行主编陈荣麟严格审稿。报告文学《大迁徙》反映了人民疾苦、人民呼声，事实真实可信，各种“证书”、“文政”齐备，这是法律法规允许刊物刊发的。

　　对于渭南市文化广电新闻出版局异地封存《大迁徙》一书，《火花》杂志社表示抗议，杂志社称这是“不当执法，应当立即纠正”。

　　对于《火花》杂志社的抗议，渭南市相关方面并未理会。得知杂志社在上述出版程序的纰漏后，7月份，渭南警方再赴北京调查。“这一次，杂志社顶不住了。”李琼说。

　　8月15日，《火花》杂志社几位工作人员找到了谢朝平。据李琼回忆，杂志社送来了一份协议，大意是《火花》杂志社同意准印《大迁徙》增刊500册（此前是准印1万册）。“老谢说，书都印出来了，现在还要补签这个东西干吗？”李琼说，但觉得出版《大迁徙》给杂志社带来了麻烦，谢还是在协议上签了字。

　　8月17日，杂志社又送来一个紧急通知，落款为2010年5月25日。这次没让签字只是送达。大致内容是：经杂志社研究决定收回此前准印一万份左右的文件，同意准印500份。

　　据李琼回忆称，面对这一通知，谢朝平对来人说：“今天都8月17日了，书都印出来早被别人收了，你们现在出个5月份的通知有什么用？”